絶滅したはずの巨大生物が発見された。 その巨大生物とは、大海獣ゼオクロノドンだった。 ゼオクロノドンは、人類の永遠の夢である「不老不死」の力を持っていると言う。 その力の謎を解くため鬼太郎は、ゼオクロノドンの謎を解明するため結成されたニューギニア調査団と共に調査することに。 しかし突如現れたゼオクロノドンに調査団は襲われてしまう。 何とかゼオクロノドンの血液サンプルを採った鬼太郎と、若き研究者山田は帰国する。 だが、鬼太郎は戦いで重傷を負っていた･･･。